按照《國家重點實驗室建設與運行管理辦法》的要求，2013年科技部對“低維量子物理國家重點實驗室”等29個實驗室的建設計劃完成情況分別組織專家進行現場驗收。驗收專家組認為，這些實驗室在凝練研究方向、條件建設、隊伍建設、運行管理和制度建設、開展科學研究等方面做了大量工作，取得了重要進展，完成了建設計劃任務書規定的各項指標，符合國家重點實驗室總體要求，能按照相應的管理辦法正常運行。科技部對驗收專家組的意見進行了認真研究，決定批準包括流程工業綜合自動化在內的29個實驗室通過驗收，并于12月30日在科技部網站發布。
2013年通過驗收的29個
國家重點實驗室名單
| 序號 | 實驗室名稱 | 依托單位 | 主管部門 |
| 1 | 低維量子物理國家重點實驗室 | 清華大學 | 教育部 |
| 2 | 發光材料與器件國家重點實驗室 | 華南理工大學 | 教育部 |
| 3 | 分子發育生物學國家重點實驗室 | 中國科學院遺傳與發育生物學研究所 | 中國科學院 |
| 4 | 復雜系統管理與控制國家重點實驗室 | 中國科學院自動化研究所 | 中國科學院 |
| 5 | 鋼鐵冶金新技術國家重點實驗室 | 北京科技大學 | 教育部 |
| 6 | 高溫氣體動力學國家重點實驗室 | 中國科學院力學研究所 | 中國科學院 |
| 7 | 高性能復雜制造國家重點實驗室 | 中南大學 | 教育部 |
| 8 | 硅酸鹽建筑材料國家重點實驗室 | 武漢理工大學 | 教育部 |
| 9 | 旱區作物逆境生物學國家重點實驗室 | 西北農林科技大學 | 教育部 |
| 10 | 核探測與核電子學國家重點實驗室 | 中國科學院高能物理研究所;中國科學技術大學 | 中國科學院 |
| 11 | 荒漠與綠洲生態國家重點實驗室 | 中國科學院新疆生態與地理研究所 | 中國科學院 |
| 12 | 機械結構力學及控制國家重點實驗室 | 南京航空航天大學 | 工業和信息化部 |
| 13 | 計算機體系結構國家重點實驗室 | 中國科學院計算技術研究所 | 中國科學院 |
| 14 | 理論物理國家重點實驗室 | 中國科學院理論物理研究所 | 中國科學院 |
| 15 | 流程工業綜合自動化國家重點實驗室 | 東北大學 | 教育部 |
| 16 | 流域水循環模擬與調控國家重點實驗室 | 中國水利水電科學研究院 | 水利部 |
| 17 | 煤礦災害動力學與控制國家重點實驗室 | 重慶大學 | 教育部 |
| 18 | 生命分析化學國家重點實驗室 | 南京大學 | 教育部 |
| 19 | 生物地質與環境地質國家重點實驗室 | 中國地質大學（武漢） | 教育部 |
| 20 | 生殖醫學國家重點實驗室 | 南京醫科大學 | 江蘇省科技廳 |
| 21 | 水利工程仿真與安全國家重點實驗室 | 天津大學 | 教育部 |
| 22 | 天然藥物活性物質與功能國家重點實驗室 | 中國醫學科學院藥物研究所 | 國家衛生和計劃生育委員會 |
| 23 | 天然藥物活性組分與藥效國家重點實驗室 | 中國藥科大學 | 教育部 |
| 24 | 微生物代謝國家重點實驗室 | 上海交通大學 | 教育部 |
| 25 | 細胞生物學國家重點實驗室 | 中國科學院上海生命科學研究院 | 中國科學院 |
| 26 | 心血管疾病國家重點實驗室 | 中國醫學科學院阜外心血管病醫院 | 國家衛生和計劃生育委員會 |
| 27 | 信息光子學與光通信國家重點實驗室 | 北京郵電大學 | 教育部 |
| 28 | 有機無機復合材料國家重點實驗室 | 北京化工大學 | 教育部 |
| 29 | 真菌學國家重點實驗室 | 中國科學院微生物研究所 | 中國科學院 |
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