濕法煙氣脫硫雖然脫硫效率很高，但同時它也存在著富液難以處理、沉淀、結垢及堵塞、磨損及腐蝕等等一系列棘手的問題。如果這些問題處理的不好，便會出現二次污染、運轉效率低下或不能運行等問題。以下就是對濕法煙氣脫硫存在的問題提出的解決辦法：
1、富液的處理
用于煙氣脫硫的化學吸收操作，不僅要達到脫硫的要求，滿足國家及地區環境法規的要求，還必須對洗后 SO2的富液進行合理的處理。合理處理廢液，往往是濕法煙氣脫硫技術成敗的關鍵因素之一。
2、煙氣的預處理
含有SO2的煙氣，一般都含有一定量的煙塵。在吸收SO2之前，若能專門設置高效除塵器，如電除塵器和濕法脫硫除塵器等，除去煙塵，那是最為理想的。然而，這樣可能造成工藝過程復雜，設備投資和運行費用過高，在經濟上是不太經濟的。若能在SO2吸收時，考慮在凈化SO2的過程中同時除去煙塵，那是比較經濟的，是較為理想的，即除塵脫硫一機多用或除塵脫硫一體化。
3、煙氣的預冷卻
大多數含硫煙氣的溫度為120~185℃或更高，而吸收操作則要求在較低的溫度下(60℃左右)進行。低溫有利于吸收，高溫有利于解吸。因而在進行吸收之前要對煙氣進行預冷卻。通常，將煙氣冷卻到60℃左右較為適宜。常用冷卻煙氣的方法有：應用熱交換器間接冷卻;應用直接增濕(直接噴淋水)冷卻;用預洗滌塔除塵增濕降溫，這些都是較好的方法，也是目前使用較廣泛的方法。通常，國外濕法煙氣脫硫的脫硫效率較高，其原因之一就是對高溫煙氣進行增濕降溫。
4、結垢和堵塞
在濕法脫硫脫硝中，設備常常發生結垢和堵塞。設備結垢和堵塞，已成為一些吸收設備能否正常長期運行的關鍵問題。為此，首先要弄清楚結構的機理，影響結構和造成堵塞的因素，然后有針對性地從工藝設計、設備結構、操作控制等方面著手解決。
5、腐蝕及磨損
煤炭燃燒時除生成SO2以外，還生成少量的SO3，煙氣中SO3的濃度為10~40ppm。由于煙氣中含有水(4%~12%)，生成的SO3瞬間內形成硫酸霧。當溫度較低時，硫酸霧凝結成硫酸附著在設備的內壁上，或溶解于洗滌液中。這就是濕法吸收塔及有關設備腐蝕相當嚴重的主要原因。解決方法主要有：采用耐腐蝕材料制作吸收塔，如采用不銹鋼、環氧玻璃鋼、硬聚氯乙烯、陶瓷等.
6、除霧
濕法吸收塔在運行過程中，易產生粒徑為10~60m的 “霧”。“霧”不僅含有水分，它還溶有硫酸、硫酸鹽、SO2等，如不妥善解決，任何進入煙囪的“霧”，實際就是把SO2排放到大氣中，同時也造成引風機的嚴重腐蝕。因此，工藝上對吸收設備提出除霧的要求。被凈化的氣體在離開吸收塔之前要進行除霧。通常，除霧器多設在吸收塔的頂部。
7、凈化后氣體再加熱
在處理高溫含硫煙氣的濕法煙氣脫硫中，煙氣在脫硫塔內被冷卻、增濕和降溫，煙氣的溫度降至60℃左右。將60℃左右的凈化氣體排入大氣后，在一定的氣象條件下將會產生“白煙”。由于煙氣溫度低，使煙氣的抬升作用降低。為此，需要對洗滌凈化后的煙氣進行二次再加熱，提高凈化氣體的溫度。被凈化的氣體，通常被加熱到105~130℃。